同时，《报告》也指出一些问题的存在，如：工程造价弄虚作假严重，审计的7个市县污水处理项目，发现施工企业虚增工程造价2.19亿元，造假率达到30%，涉嫌违法。此外，价值2046万元的设备(占设备总值的18%)不能正常使用。

《报告》指出，受托运营企业没有认真履行合同约定的服务要求，污水处理量只有合同约定的62%，却按100%收费，该扣减的费用也没有扣除；污水处理后尾水长期未达标问题普遍存在，甚至为节约运营成本放任污水直排。审计还发现有的厂编造三套数据以及虚假运营资料，应付各种上报和检查，并且拒绝和阻挠审计部门的检查。

据相关人士介绍，由于管网建设滞后，该省有15个市县的污水集中处理率平均仅为48%，远没有达到2012年75%的目标，平均运行负荷率仅为36%，运行3年多仍未通过正式环保验收。未对污泥进行无害化处理，这样一来，也会留下二次污染隐患。